1、很難避免非法侵擾。網絡是一個開放的環(huán)境，在這個環(huán)境中一切信息在理論上都是可以被訪問到的，除非它們在物理上斷開連接。因此，網絡下的會計信息系統(tǒng)很有可能遭受非法訪問甚至黑客或病毒的侵擾，一旦發(fā)生將造成巨大的損失。

　　2、電子商務給內部控制出難題。隨著電子商務的迅猛發(fā)展，網上交易愈加普遍，可以想象在不久后企業(yè)的全部原始憑證都將成為數(shù)字格式，這加強了企業(yè)對網上公證機構的依賴。但直到目前相應的技術和法規(guī)還遠沒有達到完善，這也給系統(tǒng)的內部控制造成困難。

　　3、內部稽核難度加大。若要信息系統(tǒng)進行審核，則必須克服下列幾項問題：企業(yè)可能會擔心相關內部資料暴露于外，影響其競爭能力；稽核必須運用更復雜的查核技術，會計師必須培訓具備復雜電腦資料處理能力，定能勝任此項工作；稽核將大幅增加查核所需的時間與成本。

　　4、網絡環(huán)境下無形資產轉移難以控制。無形資產是一種動態(tài)資產，如人力資產的轉移無須借助外界的力量即可發(fā)生，在利益機制的驅使下在網上很容易轉移。