1、行為對(duì)象不同。行政確認(rèn)是指對(duì)行政相對(duì)人既有法律地位、權(quán)利義務(wù)的確定和認(rèn)可，主要是指對(duì)身份、能力和事實(shí)的確認(rèn);行政許可的行為對(duì)象是許可行政相對(duì)人獲得為某種行為的權(quán)利或資格。一般來說，前者是業(yè)已存在，而后者是許可之前不得為之。

2、行為的法律效果不同。行政確認(rèn)中未被認(rèn)可的行為或地位將發(fā)生無效的結(jié)果而不適用法律制裁;而在行政許可中，未經(jīng)許可而從事的行為將發(fā)生違法后果，當(dāng)事人將因此受到法律制裁。即前者的法律效果具有前溯性，對(duì)今后僅是一種預(yù)決作用;而后者的法律效果具有后及性，不具有前溯性。

3、所為的意思不同。行政確認(rèn)行為表明行政主體的態(tài)度是對(duì)某種狀態(tài)、事件、物或行為予以法律上的承認(rèn)、確定或否定;而行政許可行為則是行政主體在對(duì)申請(qǐng)人的申請(qǐng)進(jìn)行審查和判斷的前提下，對(duì)申請(qǐng)是否予以準(zhǔn)許或同意的行為。

4、行為性質(zhì)不同。行政確認(rèn)屬于確認(rèn)性或宣示性行政行為，它僅表明現(xiàn)有的狀態(tài)，而不以法律關(guān)系的產(chǎn)生、變更或消滅為目的。行政許可，從其正常狀態(tài)(即批準(zhǔn))而言是建立、改變或者消滅具體的法律關(guān)系，是一種形成性行政行為。

5、內(nèi)容不同。行政確認(rèn)行為的內(nèi)容具有“中立性”，它并不直接為當(dāng)事人設(shè)定權(quán)利或義務(wù)，對(duì)當(dāng)事人是有利還是不利，取決于確認(rèn)時(shí)原已存在的法律狀態(tài)或事實(shí)狀態(tài);而行政許可行為則是一種授益性行政行為，它直接為申請(qǐng)人授益。

行政許可需經(jīng)多個(gè)部門實(shí)施的，往往需要更長的時(shí)間。所以《行政許可法》第四十二條第(二)款規(guī)定：“依照本法第二十六條的規(guī)定，行政許可采取統(tǒng)一辦理或者聯(lián)合辦理、集中辦理的，辦理的時(shí)間不得超過四十五日;四十五日內(nèi)不能辦結(jié)的，經(jīng)本級(jí)人民政府負(fù)責(zé)人批準(zhǔn)，可以延長十五日。并應(yīng)當(dāng)將延長期限的理由告知申請(qǐng)人?！边@里的45日是指，在實(shí)行統(tǒng)一辦理、聯(lián)合辦理或者集中辦理的行政許可事項(xiàng)中，從第一個(gè)行政機(jī)關(guān)受理行政許可申請(qǐng)時(shí)起至最后一個(gè)行政機(jī)關(guān)作出行政許可決定時(shí)止的總的時(shí)間期限不得超過45日。

《行政許可法》第四十三條對(duì)下級(jí)行政機(jī)關(guān)初審的時(shí)限作出了明確規(guī)定，即下級(jí)行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自受理行政許可申請(qǐng)之日起20日內(nèi)審查完畢。上級(jí)行政機(jī)關(guān)審批的，時(shí)限仍然適用第四十二條第(一)款的規(guī)定，即應(yīng)當(dāng)在20日內(nèi)作出是否準(zhǔn)予行政許可的決定，20日內(nèi)不能作出決定的，經(jīng)說明理由，本級(jí)行政機(jī)關(guān)的負(fù)責(zé)人可批準(zhǔn)延長10日。如果有多個(gè)初審環(huán)節(jié)的，各個(gè)初審環(huán)節(jié)的審查期限均適用《行政許可法》第四十三條的規(guī)定，最終作出許可決定的機(jī)關(guān)適用第四十二條的規(guī)定。

下列事項(xiàng)可以設(shè)定行政許可：

直接涉及國家安全、公共安全、經(jīng)濟(jì)宏觀調(diào)控、生態(tài)環(huán)境保護(hù)以及直接關(guān)系人身健康、生命財(cái)產(chǎn)安全等特定活動(dòng)，需要按照法定條件予以批準(zhǔn)的事項(xiàng)；

有限自然資源開發(fā)利用、公共資源配置以及直接關(guān)系公共利益的特定行業(yè)的市場(chǎng)準(zhǔn)入等，需要賦予特定權(quán)利的事項(xiàng)；

提供公眾服務(wù)并且直接關(guān)系公共利益的職業(yè)、行業(yè)，需要確定具備特殊信譽(yù)、特殊條件或者特殊技能等資格、資質(zhì)的事項(xiàng)；

直接關(guān)系公共安全、人身健康、生命財(cái)產(chǎn)安全的重要設(shè)備、設(shè)施、產(chǎn)品、物品，需要按照技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)、技術(shù)規(guī)范，通過檢驗(yàn)、檢測(cè)、檢疫等方式進(jìn)行審定的事項(xiàng)；

通過下列方式能夠予以規(guī)范的，可以不設(shè)行政許可：公民、法人或者其他組織能夠自主決定的;市場(chǎng)競(jìng)爭機(jī)制能夠有效調(diào)節(jié)的;行業(yè)組織或者中介機(jī)構(gòu)能夠自律管理的;行政機(jī)關(guān)采用事后監(jiān)督等其他行政管理方式能夠解決的。

行政許可與行政登記區(qū)別：行政機(jī)關(guān)在登記程序中一般沒有裁量權(quán);行政機(jī)關(guān)在行政許可程序中則擁有一定的裁量權(quán)。行政許可與登記共同作為行政法上的控制手段作用于不同的對(duì)象，并且目的不同。行政許可的結(jié)果是被許可人獲得從事某種行為的資格和權(quán)利，而行政登記則不一定產(chǎn)生這種后果。

行政確認(rèn)行為與行政許可行為緊密聯(lián)系：行政許可與行政確認(rèn)常常是同一行政行為的兩個(gè)步驟，一般是確認(rèn)在前，許可在后，確認(rèn)是許可的前提，許可是確認(rèn)的結(jié)果。

行政確認(rèn)行為與行政審批行為緊密聯(lián)系：行政審批與行政確認(rèn)常常是同一行政行為的兩個(gè)步驟，一般是確認(rèn)在前，審批在后，確認(rèn)是審批的前提，審批是確認(rèn)的結(jié)果。