行政許可需經(jīng)多個(gè)部門實(shí)施的，往往需要更長(zhǎng)的時(shí)間。所以《行政許可法》第四十二條第(二)款規(guī)定：“依照本法第二十六條的規(guī)定，行政許可采取統(tǒng)一辦理或者聯(lián)合辦理、集中辦理的，辦理的時(shí)間不得超過(guò)四十五日;四十五日內(nèi)不能辦結(jié)的，經(jīng)本級(jí)人民政府負(fù)責(zé)人批準(zhǔn)，可以延長(zhǎng)十五日。并應(yīng)當(dāng)將延長(zhǎng)期限的理由告知申請(qǐng)人?！边@里的45日是指，在實(shí)行統(tǒng)一辦理、聯(lián)合辦理或者集中辦理的行政許可事項(xiàng)中，從第一個(gè)行政機(jī)關(guān)受理行政許可申請(qǐng)時(shí)起至最后一個(gè)行政機(jī)關(guān)作出行政許可決定時(shí)止的總的時(shí)間期限不得超過(guò)45日。

《行政許可法》第四十三條對(duì)下級(jí)行政機(jī)關(guān)初審的時(shí)限作出了明確規(guī)定，即下級(jí)行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自受理行政許可申請(qǐng)之日起20日內(nèi)審查完畢。上級(jí)行政機(jī)關(guān)審批的，時(shí)限仍然適用第四十二條第(一)款的規(guī)定，即應(yīng)當(dāng)在20日內(nèi)作出是否準(zhǔn)予行政許可的決定，20日內(nèi)不能作出決定的，經(jīng)說(shuō)明理由，本級(jí)行政機(jī)關(guān)的負(fù)責(zé)人可批準(zhǔn)延長(zhǎng)10日。如果有多個(gè)初審環(huán)節(jié)的，各個(gè)初審環(huán)節(jié)的審查期限均適用《行政許可法》第四十三條的規(guī)定，最終作出許可決定的機(jī)關(guān)適用第四十二條的規(guī)定。

申請(qǐng)人除以傳統(tǒng)方式向行政機(jī)關(guān)遞交申請(qǐng)書以外，還可以利用現(xiàn)代的通訊手段提出申請(qǐng)。申請(qǐng)人可以向具備接收條件的行政機(jī)關(guān)，通過(guò)電報(bào)、電傳、傳真、電子數(shù)據(jù)交換和電子郵件等方式提交申請(qǐng)。通過(guò)上述方式提出申請(qǐng)，主要適用于只需要申請(qǐng)人提交有關(guān)書面材料，不用提交實(shí)物、樣品的行政許可。行政許可法作出這一規(guī)定，目的在于鼓勵(lì)行政機(jī)關(guān)和申請(qǐng)人利用現(xiàn)代科技，提高行政效能，同時(shí)也體現(xiàn)了行政許可的便民原則。以上述方式提交的申請(qǐng)具有與普通申請(qǐng)書相同的效力。鑒于通過(guò)電子數(shù)據(jù)交換、電子郵件方式提出行政許可申請(qǐng)，在一些地方還是新鮮事物，在具體操作程序上還有待完善，因此行政許可法只作了倡導(dǎo)性的規(guī)定。

行政許可的實(shí)施程序規(guī)定：

申請(qǐng)與受理。公民、法人或者其他組織從事特定活動(dòng)，依法需要取得行政許可的，應(yīng)當(dāng)向行政機(jī)關(guān)提出申請(qǐng)，如實(shí)向行政機(jī)關(guān)提交有關(guān)材料和反映真實(shí)情況，并對(duì)其申請(qǐng)材料實(shí)質(zhì)內(nèi)容的真實(shí)性負(fù)責(zé)。

審查與決定。行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)對(duì)申請(qǐng)人提交的申請(qǐng)材料進(jìn)行審查。

期限。除當(dāng)場(chǎng)作出行政許可決定的外，行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自受理行政許可申請(qǐng)之日起20日內(nèi)作出行政許可決定。

聽證。法律、法規(guī)、規(guī)章規(guī)定實(shí)施行政許可應(yīng)當(dāng)聽證的事項(xiàng)，或者行政機(jī)關(guān)認(rèn)為需要聽證的其他涉及公共利益的重大行政許可事項(xiàng)，行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)向社會(huì)公告，并舉行聽證。

變更與延續(xù)。被許可人要求變更行政許可事項(xiàng)的，應(yīng)當(dāng)向作出行政許可決定的行政機(jī)關(guān)提出申請(qǐng);符合法定條件、標(biāo)準(zhǔn)的，行政機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)依法辦理變更手續(xù)。

特別規(guī)定。主要包括：

聽證程序是指行政機(jī)關(guān)為了查明件事實(shí)、公正合理地實(shí)施行政處罰，在作出行政處罰決定前通過(guò)公開舉行由有關(guān)利害關(guān)系人參加的聽證會(huì)廣泛聽取意見的程序。

(一)稅務(wù)行政許可由具有行政許可權(quán)的稅務(wù)機(jī)關(guān)在法定權(quán)限內(nèi)實(shí)施，各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)下屬的事業(yè)單位一律不得實(shí)施行政許可。稅務(wù)機(jī)關(guān)是指各級(jí)稅務(wù)局、稅務(wù)分局、稅務(wù)所以及省以下稅務(wù)局的稽查局。稅務(wù)機(jī)關(guān)是否具有行政許可權(quán)，由設(shè)定稅務(wù)行政許可的文件確定。

(二)沒(méi)有法律、法規(guī)、規(guī)章的規(guī)定，稅務(wù)機(jī)關(guān)不得委托其他機(jī)關(guān)實(shí)施行政許可。

(三)各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)指定一個(gè)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)或者設(shè)置固定窗口，統(tǒng)一負(fù)責(zé)受理行政許可申請(qǐng)、送達(dá)行政許可決定。

行政許可設(shè)定權(quán)劃分：可以設(shè)立行政許可的法律法規(guī)有：法律;行政法規(guī)、國(guó)務(wù)院決定;地方性法規(guī);省級(jí)政府規(guī)章(臨時(shí)性)。法律可以設(shè)定行政許可。尚未制定法律的，行政法規(guī)可以設(shè)定行政許可。尚未制定法律、行政法規(guī)的，地方性法規(guī)可以設(shè)定行政許可;尚未制定法律、行政法規(guī)和地方性法規(guī)的，因行政管理的需要，確需立即實(shí)施行政許可的，省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)章可以設(shè)定臨時(shí)性的行政許可。

通過(guò)下列方式能夠予以規(guī)范的，可以不設(shè)行政許可：公民、法人或者其他組織能夠自主決定的;市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制能夠有效調(diào)節(jié)的;行業(yè)組織或者中介機(jī)構(gòu)能夠自律管理的;行政機(jī)關(guān)采用事后監(jiān)督等其他行政管理方式能夠解決的。